冷卻塔的水溫一般在32-37℃之間，又有陽光，比較適合微生物藻類繁殖。藻類、細.菌和真.菌快速繁殖，會使冷卻水顏色變黑，發生惡臭，污染環境，嚴重時會危及人體健康。同時，這些微生物分泌出大量粘液，將水中不溶性雜質粘接在一起，附著于管道和設備的內壁，阻礙水的流動和熱交換，水頭損失增加，多耗電能，造成高壓運行。沉積在金屬表面的粘泥還會引起垢下腐蝕。此外，冷卻塔的配水槽和噴嘴上也常因藻類繁殖而堵塞孔口，影響配水的均勻性而使塔的冷卻效率下降。 
    循環冷卻系統內存在的細.菌也對人們身體健康造成極大的危害。據權威機構調查，約60%的冷卻水中存有軍團菌。它可以通過兩個途徑傳播給人體，一是空調冷卻塔的霧滴進入大氣而轉入人們呼吸道，另一種是供水系統攜帶病菌傳輸給人們。進行循環系統水質管理，定期殺.菌滅藻，殺滅細.菌微生物，可以保護人們身體健康，創造一個良好的工作、生活環境。
　　因此，微生物菌藻對空調循環水系統造成的危害——堵塞管道，阻礙水的循環，減少熱交換效率，損害人們身體健康。