陰離子交換樹脂的化學穩定性要比陽離子交換樹脂差，所以陰離子樹脂對于氧化劑和高溫的抵抗能力較弱。陰離子樹脂易受到侵害的部位是分子中的氮，如季銨型的強堿悸陰樹脂在受到氧化劑侵蝕時季銨逐漸變為叔銨、仲胺、伯胺，使得堿性減弱，降解為非堿性物質。這就是陰離子交換樹脂的氧化變質過程。在此過程中，強堿性交換基團逐漸降解減少，弱堿性交換基團比例增加，陰樹脂總的交換基團也在減少。開始時陰離子樹脂氧化變質的速度很大，隨后逐漸減少，約兩年之后，氧化變質速度幾乎恒定。為了防止陰樹脂氧化變質，在進入陰離子交換塔之前，要盡力將水中氧化劑除去。運行中，要切實控制好水溫。有的廠為了提高陰樹脂的除硅將再生劑溶液加溫，但要注意切不可過高。