選擇殺生劑時，要考慮藥劑殺生廣譜性，即對相當(dāng)多的微生物有較好的殺生作用，殺生效率>90%。另外還應(yīng)考慮副作用，如對木材的損傷和排水對公共水體的污染。一些毒性比較大而且危害其他生物是人的健康藥劑，一般要慎重使用。

使用殺生劑對其劑量要控制適當(dāng)，因為有時當(dāng)細(xì).菌受到一種化學(xué)物質(zhì)威脅時，有一種使其代謝活動加速的自然趨勢，因此不足一致死的藥劑量，實際上還可能刺激細(xì).菌的生長。此外，有許多常用的殺生劑，會使細(xì).菌抗.菌性，此時必須要增加藥劑量才能控制他們的生長。

必須要注意殺生劑的化學(xué)性質(zhì)，以及藥劑和冷卻水中的緩濁、阻垢劑的匹配性。如緩濁阻垢劑時一種可以氧化的物質(zhì)，就不能采用氯這樣的氧化性殺生劑，因為兩者的作用是對消的。殺生劑和護照阻垢劑間也有增效作用，例如氯酚和聚磷酸鹽及鋅鹽同時使用時，比單用氯酚的殺.菌率得到了顯著的提高。為防止細(xì).菌的抗藥性，在選擇殺生劑時不能單一使用，需要選擇幾種要適當(dāng)輪換使用。